Несмотря на экстремальную прочность эмали, она подвержена внешнему влиянию и постепенно разрушается. Наиболее пагубное воздействие на эмаль оказывают органические кислоты, вырабатываемые местной микрофлорой. Под влиянием кислот эмаль размягчается, что приводит к кариесу, хрупкости и структурным дефектам, таким как эрозия зубов, откалывание части эмали и т.п. Выработка кислот местной микрофлорой тем выше, чем больше питательных веществ остаётся в полости рта, поэтому гигиена полости рта является основополагающим принципом сохранения здоровья зубов.